綜觀台灣的狀況，國內目前的健康食品主要以「調節血脂」產品如第二軌之魚油（24%）及紅麴（40%）為最大宗，其次是改善腸胃道功能產品（18.8%），以及免疫調節產品（11.0%），截至今年（2016）11 月底為止，共有 372 件產品、415 種功效
保健 vs 健康食品
保健食品，是一般人「俗稱」具有促進健康功效之「食品」，其實定義上就是一般食品，僅能作為營養補充，不能宣稱有「保健功效」；而健康食品則是經衛生福利部安全性、功效性與安定性認證，符合健康食品相關規範（如「健康食品管理法」），通過審查核准給予健康食品字號之產品，才能稱為「健康食品」
13項健康食品的功效
- 護肝
- 抗疲勞
- 調節血脂
- 調節血糖
- 免疫調節
- 骨質保健
- 牙齒保健
- 延緩衰老
- 促進鐵吸收
- 胃腸功能改善
- 輔助調節血壓
- 不易形成體脂肪
- 輔助調整過敏體質
具備以上功效的食品，才能申請小綠人標章。通過健康食品認證後，也能廣告宣稱有以上的功效。
健康食品申請的雙軌制
申請為健康食品有2種方式，也就是如稱的「雙軌制」
第一軌「個案審查」
產品需要評估下方三個項目，才能開始申請健康食品許可證。
- 安全性：健康食品安全評估方法
- 保健功效：採正面表列。衛福部規定，健康食品可宣稱的功效包括護肝、抗疲勞、調節血脂、調節血糖、免疫調節、骨質保健、牙齒保健、延緩衰老、促進鐵吸收、胃腸功能改善、輔助調節血壓、不易形成體脂肪、輔助調整過敏體質共 13 項
- 安定性：產品於「有效期限」內之保健功效成分含量，是否能與標示相符
不同種類的健康食品，需要接受不同的「安全性」評估
| 類別 | 健康食品安全性評估 |
|---|---|
| 第一類 | 產品之原料為「傳統食用」，且以「通常加工食品形式」供應者或產品具有完整之毒理學安全性學術文獻報告及曾供食用之紀錄，且其原料組成分及製造過程與所提供之學術文獻報告完全相符者，不需提出毒性測試資料。 |
| 第二類 | 產品之原料為「傳統食用」，但「非以通常加工食品形式（例如萃取）」供應者，需具備基因毒性試驗、28 天餵食毒性試驗資料。 |
| 第三類 | 產品之原料非屬傳統食用者，需具備基因毒性試驗、90 天餵食毒性試驗和致畸試驗資料。 |
| 第四類 | 產品之原料非屬傳統食用且含有致癌物之類似物者，需具備基因毒性試驗、90 天餵食毒性試驗、致畸試驗、慢性毒性試驗 / 致癌性試驗和繁殖試驗資料。 |
第二軌「規格標準審查」
產品成分符合衛生福利部公告之健康食品規格標準，該等成分已由學理確立產品保健功效，無需個案進行保健功效評估試驗，目前已公告的健康食品規格標準為魚油及紅麴兩項，凡獲得通過者，可宣稱之保健功效敘述均相同。
如：魚油類產品可標示：「本產品可能有助於降低血中三酸甘油酯；其功效乃由學理得知，非由實驗確認」；紅麴類產品可標示：「本產品可能有助於降低血中總膽固醇；其功效由學理得知，非由實驗確認」。
以「紅麴」為例，其調節血脂的機轉已被證實，如果還是依循個案審查制度，將會耗費過多的評估資源。因此，只要產品已具有長期安全使用歷史、功效機轉和有效成分明確，且有效成分的分析方法已建立，便可以改採耗時較短的規格標準制。
消費者也可以從許可證上的字號輕鬆區別健康食品通過何種認證，若是通過第一軌審查的健康食品，產品上標有「衛部健食字第 A00000 號」，第二軌的產品則是標有「衛部健食規字第 000000 號」。
